セマンティック バージョニング（Semantic Versioning）という手法が良いです。
GitHub推奨です。
概要
ざっくり
1.1.1
というような採番をする時に
メジャー.マイナー.パッチ
という順にバージョンを振りましょう。
メジャーバージョンアップは後方互換がない場合、
マイナーバージョンアップは後方互換がある機能追加や修正、
パッチバージョンアップは後方互換があるバグの修正
を基本ルールにしましょう。
細かなルール
各バージョンの先頭に0を付けてはいけません。
1.02.3 や 01.2.3
などはルール違反です。
メジャーバージョンが0
メジャーバージョンが0の場合は、初期段階を意味します。
アルファ版やベータ版の類です。
プレリリースバージョンの表記方法
バージョン情報にハイフンを繋いでプレリリースバージョン等の派生を作っても構いません。
1.0.0-alpha, 2.0.0-beta.2
より具体的には原文を読むのが良いですよ。
日英張っておきますのでよく読みましょう。
Semantic Versioning 2.0.0
SemanticVersioningspecandwebsite
semver.org
セマンティック バージョニング 2.0.0
SemanticVersioningspecandwebsite
semver.org
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